Liên hệ đầu tiên giữa người Tạng và người Mông Cổ được ghi chép lại là khi nhà truyền giáo Tsangpa Dungkhur cùng sáu đệ tử của ông gặp Thành Cát Tư Hãn, có thể là tại địa phận Đảng Hạng, nơi mà ông đã bị bắt giữ khoảng năm 1221 [20]. Năm 1240, Mông Cổ tiến hành một chiến dịch nhỏ nhắm vào đất Tạng nhưng nhanh chóng rút quân vào năm 1241 sau khi Khả Hãn Oa Khoát Đài qua đời, khiến các chiến dịch viễn chinh trên khắp Thế giới của Mông Cổ bị tạm ngưng.

Năm 1244, Hoàng tử Köten mời tu viện trưởng của tu viện Sakya tới Mông Cổ để làm tuyên úy riêng của ông [21]. Phải mất tới 3 năm Sakya Pandita mới chấp thuận tới Kokonor (Thanh Hải) vào năm 1246, và gặp mặt Köten một năm sau đó lại Lan Châu. Người Tạng trên danh nghĩa vẫn giữ được quyền tự chủ đối với lãnh thổ của mình, tuy nhiên Mông Cổ trên thực tế đã thiết lập quyền cai trị đối với khu vực này [22][23].

Người Mông Cổ thành lập Tuyên Chính Viện (ban đầu là Tổng Chế Viện) tách biệt với các tỉnh Trung Hoa khác vốn thuộc nhà Tống, một trong những nhiệm vụ chính của Viện là bổ nhiệm Pönchen (người điều hành), thường là các Lama lựa chọn ứng viên và các Hoàng đế nhà Nguyên xét duyệt [24]. Đây có thể xem như một "Nhị đầu chế" tại Tạng với cán cân quyền lực nghiêng về phía người Mông Cổ [24].

Năm 1253, Drogön Chögyal Phagpa (1235–1280) kế vị chức vụ của Sakya Pandita tại triều đình Mông Cổ và trở thành tuyên úy riêng của Hốt Tất Liệt. Sau khi lên ngôi Khả Hãn, Hốt Tất Liệt phong Chögyal Phagba nhiều chức tước, lần lượt là Quốc Sư, Đế Sư và Tuyên Chính Viện Sứ. Chögyal Phagpa đã phát triển khái niệm "mối quan hệ giữa người bảo trợ và tu sĩ", định hình cho sự phát triển của quan hệ giữa người Tạng với Mông Cổ cũng như các triều đại Trung Hoa từ đó về sau [25][26].

Năm 1265, Chögyal Phagpa trở về Tạng và bước đầu thiết lập quyền bá chủ của phái Sakya bằng cách bổ nhiệm một thân tín là Shakya Bzangpo làm Pönchen vào năm 1267. Một cuộc điều tra dân số vào năm 1268 đã chia đất Tạng thành 13 phái (tương đương với quận, thường bao gồm 10.000 hộ dân). Vào cuối thế kỷ 13, hầu hết khu vực phía tây đã được đặt dưới sự kiểm soát của quan lại triều đình (thường là người Tạng), trong khi đó Guge và Purang vẫn giữ được quyền tự chủ nội bộ [27]. Giữa thế kỷ 14, trong những năm cuối của nhà Nguyên, phái Phagmodru dần trỗi dậy và lật đổ các Lama của Sakya, chính thức kết thúc quyền bá chủ tại Tạng của Sakya vào năm 1358.